アップデートしてなかったので、Mac初心者さん、ナンジャラPさんからコメントを頂くまで全く気づいていませんでした。
「情報を見る」で出てくるウインドウで「32ビットモードで開く」にチェックすると解決するはずです。
Java for Mac OS X v10.5 Update 4 適用後に.dmgから展開したnukIM@S-2には、32ビットモードで開くがはじめからチェックされてるようなので、既存のnukIM@S-2を一旦削除して.dmgから展開しなおしてもよいです。
ただ、Mac初心者さんの場合は微妙に症状が違うようにも見えるので、これだけでは解決しないかもしれません。