nukIM@S-2 できたよー
http://kuramo.ch/nukimas/
使い方は README.txt に簡単にですが書いたので、まずはそちらを見てください。
追記
アルファチャンネルありで出力したものを Premiere Elements 4 と Pro CS3 (どちらも試用版)で読み込んでみて、普通に透過してることを確認。出力形式は無圧縮AVIとUtVideo(ULRA)、huffyuvのRGBAの3つを試した。
VS12(これも試用版)でも試してみたけど、アルファチャンネルありの素材をオーバーレイに挿入すると、数秒くらいしてVS12が落ちるのはなぜなんだぜ。プレビュー画面にはきちんと透過した状態で表示されるんだけど。
追記2
私の環境(E8400, 500GBx2のRAID0)だと、ソロで1曲分出力するのに20〜30分くらいです。UPばかりだったり、デュオやトリオの場合はもっと長くなります。
ブレンドの処理はかなりいいかげんにやってるので、メガネくらいならどうにかなってもミニウエディングのようにかなり広範囲に透ける衣装はダメだろうーなと決めつけて試してなかったんだけど、今やってみたら結構綺麗にできた。
追記3
メモリをたくさん消費するので多重起動できないようにしてあります。一方、異常終了した場合(あるいは見かけ上正常に終了したかのようであっても)プロセスの残骸が残ってしまうことがまれに起きるようです。そうすると、多重起動防止によってそれ以降nukIM@S-2を起動できなくなってしまいます。nukIM@S-2を一度は起動できたのにそれ以降起動しなくなってしまった場合は、この状態になっている可能性があります。対処方法は、タスクマネージャを実行して javaw.exe という名前のプロセスを探して強制終了してください(他にjavaを使ったアプリケーションを動かしている場合は間違ってそちらを終了してしまわないように注意してください)。